Yalçın Küçük, Kemal Alemdaroğlu ve Tuncer Kılınç ile aynı soruşturma dalgasında yer alan Kanadoğlu için özel yetkili İstanbul Cumhuriyet savcıları 'örgüte yardım etme' ve 'adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs' suçlamasında bulundu. Olay yerinin Ankara olması nedeniyle de yetkisizlik kararı vererek dosyayı Ankara'ya göndermişti. Ankara Başsavcılığı ise Kanadoğlu dosyasıyla Ergenekon soruşturması arasında fiili ve hukuki bağlantı olduğunu belirterek, dosyayı yeniden İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na göndermişti. Ergenekon davasında karar çıktığı halde Kanadoğlu hakkındaki dosya gizemini koruyor.